Giả thuyết về nguồn gốc Mặt Trăng này vẫn gặp phải những khó khăn chưa thể giải quyết được, bao gồm:
Tỉ lệ đồng vị chất dễ bay hơi không được giải thích trong thuyết vụ va chạm. Nếu giả thuyết trên là đúng, có thể là do nguyên nhân khác.[16]
Không có bằng chứng nào chứng tỏ rằng Trái Đất từng có một đại dương macma (như kết quả của giả thuyết), và có lẽ không tại vật chất mà chưa bao giờ được tạo nên bởi một đại dương macma.[16]
Lượng oxit sắt (FeO) mà Mặt Trăng chứa chỉ khoảng 13%, ở mức trung bình giữa Sao Hỏa (18%) và lớp phủ Trái Đất (8%), đã bác bỏ lời giải thích hầu hết vật chất của tiền Mặt Trăng đến từ lớp phủ Trái Đất.[17]
Nếu phần lớn vật chất của tiền Mặt Trăng có nguồn gốc từ thiên thể va chạm thì Mặt Trăng sẽ giàu nguyên tố ưa sắt, trong khi thực chất Mặt Trăng lại hiếm các nguyên tố này.[18]
Sự hiện diện của chất dễ bay hơi như nước ở lớp đá bazan khó giải thích hơn nữa nếu vụ va chạm gây nên sức nóng cực độ.[19]
Tỉ lệ đồng vị phóng xạ oxy của Mặt Trăng giống hệt như của Trái Đất. Tỉ lệ đồng vị phóng xạ, có thể được đo chính xác, sẽ cho thấy những đặc tính độc nhất và riêng biệt ở mỗi thiên thể. Nếu Theia là một tiền hành tinh riêng biệt, nó sẽ có đặc tính về đồng vị oxy khác với Trái Đất, cũng như vật chất trộn lẫn bắn ra sau cú va chạm.[4]
